en general la primera opcion es siempre grabarlos a todos juntos!
pero eso dependera de:
-si los musicos pueden hacerlo (por pericia tecnica o simplemente por la agenda)
-si tienes espacio suficiente
-si tienes equipo suficiente
(busca el cuello de botella, a veces tienes 50 microfonos, 70 preamps, 80 entradas de conversion A/D en la grabadora, pero solo 10 cables entre el studio y el control room!)
por otro lado, hay musica que muy dificilmente se pueda grabar segmentadamente (en overdubbs) por ejemplo, una grupo de jazz o folk...
Hay veces que una grabacion de tipo POP, puede beneficiarse de la precision ritmica que solo se puede obtener grabando de a uno contra el click, privilegiando esa precisioon en lugar de el "groove" de la banda.
todo es muy relativo y depende caso a caso.
en relacion a usar los amplificadores o no. si hablamos de guitarras en un 99% de los casos definitivamente usalos y microfonoelaos, simplemente elk amplificador forma parte del instrumento, en el caso del bajo esto es muhco mas discutible, suele gustarme personalmente grabar la linea mas que el equipo.
saludos